Vom 13. Jh. an gehörte Kandel zur Herrschaft Guttenberg. Diese war seit der 2. Hälfte des 15. Jh. ein sog. „Kondominium“, also ein Herrschaftsgebiet, das zu gleichen Teilen zum Kurfürstentum des Pfalzgrafen bei Rhein und zum Herzogtum seines Wittelsbacher Vettern, des Pfalzgrafen und Herzogs von Zweibrücken, gehörte. Bis zum Beginn des 16. Jh. verschoben sich die Besitzverhältnisse noch einmal, so dass nun der Zweibrücker Herzog Dreiviertel und der pfälzische Kurfürst ein Viertel des Gebietes besaßen, das ca. 5 km breit und 25 km lang, von Kandel bis Schweigen-Rechtenbach reichte.
Im Bauernkrieg des Jahres 1525, an dem sich auch die Untertanen der Herrschaft Guttenberg beteiligten, wurde die namensgebende Guttenburg gestürmt und zerstört. Der Schultheiß von Minfeld, Hans Bübel und der Kandeler Schultheiß Mattes Yosel waren die Anführer der Bauern. Mit der Niederschlagung des Aufstandes durch die Fürsten, konkret durch die Belagerung und Übergabe der Stadt Weißenburg endete der Bauernkrieg im südpfälzischen Raum.
Zur Bestrafung der Aufständischen im Guttenberger Land wurde ihnen der sog. „Freie Zug“ wieder genommen, so dass sie fortan wieder wie Leibeigene behandelt wurden. Wer in einen anderen Ort ziehen wollte, der musste sich daher erst freikaufen.
Durch die gemeinsame Herrschaft von zwei Landesherren konnten religiöse Veränderungen in der Herrschaft Guttenberg nur durchgeführt werden, wenn Einvernehmen zwischen den Regenten bestand. Der Herzog Ludwig II. von Zweibrücken (1514-1532) gehörte zu den frühen Anhängern der Reformation. Für Reichstag von Speyer 1526 ließ er seinen Landschreiber Jakob Schorr aus Minfeld eigens eine theologische-juristische Empfehlung ausarbeiten. Sie trägt den Titel:
"Ratschlag über den lutherischen Handel. Dem Durchlauchtigen, hochwohlgeborenen Fürsten und Herrn Ludwig, Pfalzgrafen bei Rhein, Herzogen in Bayern und Grafen zu Veldenz etc. gemacht auf dem Speyrischen Reichstage durch seiner Fürstlichen Gnaden Landschreiber Guttenberger Gemeinschaft Jacob Schorren. Psalm 93 „Merkt doch ihr Narren unter dem Volk und ihr Toren, wann wollt ich endlich klug werden? MDXXVI"
Schorr legt darin dar, dass Christus seine Kirche selbst regiere und daher keinen irdischen Stellvertreter brauche, der auch aus der Heiligen Schrift nicht zu begründen sei.
Trotz diesen eindeutigen Bekenntnisses zur Reformation, blieb der Herzog dem zweiten Speyrer Reichstag 1529, bei dem die reformatorischen Reichsstände ihren Protest gegen den Reichstagsabschluss einlegten („Protestation von Speyer“) fern und trat auch dem protestantischen Verteidigungsbündnis, dem „Schmalkaldischen Bund“, nicht bei.
Ludwigs Sohn, Herzog Wolfgang (1532-1569), – selbst von lutherischen Lehrern erzogen – setzte die Politik seines Vaters zugunsten der Reformation fort. 1557 erließ er eine lutherische Kirchenordnung für sein Herzogtum, ein Jahr später ließ er die Gemeinden visitieren.
Kurfürst Ludwig V. von der Pfalz (1508-1544) war in Sachen Reformation anfangs eher unentschieden. Er passte sich in seiner Religionspolitik den unterschiedlichen Entwicklungen auf Reichsebene an, d.h. er ließ die reformatorische Predigt teilweise zu, wenn die politische „Großwetterlage“ entsprechend war oder behinderte sie, wenn es ihm politisch angemessen schien. Er selbst blieb sein Leben lang katholisch, war aber um Ausgleich und Frieden zwischen den unterschiedlichen Parteien bemüht. Als die Zahl der Protestanten, auch am kurfürstlichen Hofe, immer weiterwuchs, erließ der Kurfürst 1538 ein Religionsedikt, dass es lutherischen Predigern erlaubte, in seinem Territorium zu predigen und das Abendmahl „unter beiderlei Gestalt“ (d.h. Brot und Wein) auszuteilen.
Erst sein Nachfolger, Friedrich II. (1544-1556), war der Reformation gegenüber positiv gesonnen. Er selbst nahm mit seiner Ehefrau, einer lutherischen dänischen Prinzessin an Ostern 1545 zum ersten Mal das Abendmahl unter beiderlei Gestalt ein – eine symbolische Handlung, die ihn auch öffentlich als Anhänger der Reformation auswies. 1546 führte der Kurfürst in seinem Gebiet die Reformation, schloss sich dem „Schmalkaldischen Bund“ aber nicht an.
Es ist davon auszugehen, dass spätestens ab 1538, zu dem Zeitpunkt also, an dem beide Landesherren die neue Lehre zumindest tolerierten, auch in Kandel reformatorisch gepredigt wurde. Eine vom Zweibrücker Herzog Ende der 1550er Jahre durchgeführte Kirchenvisitation ergab, dass zu diesem Zeitpunkt überall in der „Gemeinschaft Guttenberg“ lutherische Prediger ihren Dienst taten.
1559 fiel das kurfürstliche Viertel der Herrschaft Guttenberg an den Pfalzgrafen Georg Hans von Pfalz-Veldenz. Beide Landesherren der Herrschaft Guttenberg waren zu diesem Zeitpunkt lutherisch.
Als die Kurpfalz unter Friedrich III. ab 1560 zur reformierten Konfession wechselte, waren die Landesherren bemüht, die reformierte Lehre aus ihrem Gebiet fernzuhalten. Gerade Kandel, als östlichster Ort des Gebietes, lag in „gefährlicher Nähe“ zum kurpfälzischen Oberamt Germersheim.
Die Auseinandersetzungen innerhalb des reformatorischen Lagers zwischen Lutheranern und Reformierten sollten in Kandel eine Rolle spielen.
Der erste namentlich bekannte Pfarrer von Kandel war Jakob Schober (1553-1556), von dem man aber nur weiß, dass er 1556 von Kandel aus an die Augustinerkirche nach Speyer berufen wurde. Sein Nachfolger, Pfarrer Jakob Neidinger (1556-1566) wurde festgenommen, weil er sich der reformierten Lehre zugewandt hatte. Man drohte ihm Folter an und erpresste so von ihm ein Geständnis, dass er bei der Prüfung eines Kollegen an der (reformierten) theologischen Fakultät in Heidelberg zur Verbreitung der Lehren Calvins ermutigt worden sei.
Neidinger wurde in Dörrenbach in einen Gefängnisturm geworfen, sein Eigentum wurde beschlagnahmt. Als er schriftlich zusicherte, der falschen Lehre öffentlich absagen zu wollen, ließ man in frei. Neidinger gelang die Flucht in die reformierte Kurpfalz.
Antonius Kayser, Pfarrer in Kandel von 1566-1571, konnte seine Gemeinde in den letzten drei Jahren seines Dienstes nicht betreuen, da er als Feldprediger mit seinem Herzog den verfolgten Hugenotten in Frankreich zu Hilfe kam, von den Strapazen des Einsatzes jedoch krank wurde und starb. Während dieser Zeit vertrat ihn Stephan Schötter, der zuvor in Barbelroth Schulmeister gewesen war. Er wurde auch sein Nachfolger als Pfarrer von Kandel, weil er als gut lutherisch galt. Über seine sonstige Befähigung als Pfarrer heißt es dagegen im Visitationsprotokoll von 1579:
Stephan Schötter... 1564 Diaconus in Candel und 1571 Pfarrer daselbst ... ist nit wol gelert, aber sincerus (aufrichtig)in Religione... lißt in heiliger Schrift fleißig, obt sich auch sonsto mit seinem Diacono... Es sei wohl für diese Gemeinde einer vonnöthen, der besser studiert habe, jedoch weil er fleißig in seinem Amte, getreu zur Kirchenordnung, stille und eingezogen sei, Schultheiß, Gericht und Censoren ihn zu behalten wünschen, achte man ihn für tauglich.
Mit Herzog Johann I. von Zweibrücken (1569-1604) sollte sich die Religionspolitik der Zweibrücker Herzöge radikal ändern, denn er führte 1580 auch in seinem Herzogtum die reformierte Konfession ein. Aus diesem Grund kam es zum Streit, denn der Veldenzer Pfalzgraf Georg Hans war ein überzeugter Lutheraner. In der Folgezeit sollte es bei Pfarrstellenbesetzungen und Kirchenvisitationen aus diesem Grund immer wieder zu Spannungen zwischen den beiden Herrscherhäusern kommen. Für die Gemeinde in Kandel hieß das konkret, dass sie mal mit lutherisch, mal mit reformiert gesinnten Pfarrern leben musste.
Erst nach dem Dreißigjährigen Krieg in der 2. Hälfte des 17. Jh. zogen auch die die Katholiken in geringer Zahl wieder in das Guttenberger Land ein. Ab 1680 stand das Gebiet unter französischer Oberherrschaft. König Ludwig XIV. und sein Nachfolger versuchten das Land zu rekatholisieren. Sobald mindestens sieben Familien katholischer Konfession in einem Dorf wohnten, musste die anderen Christen den Chor der Ortskirche für deren Gottesdienst zur Verfügung stellen. In Kandel wurde 1685 eine sogenannte katholische Königspfarrei eingerichtet, also eine Pfarrei, die vom französischen König eingerichtet und bezahlt wurde. Angesichts des scharfen Gegensatzes zwischen Konfessionen, führte die Benutzung der Kirche als Simultankirche immer wieder zu Spannungen.